A. Sistem Kredit Semester (SKS)

         Sistem kredit adalah penyelenggaraan pendidikan dengan menyatakan beban studi mahasiswa, beban kerja tenaga pengajar, dan beban penyelenggaraan lembaga pendidikan dalam bentuk kredit. Dengan menggunakan sistem ini, setiap mahasiswa dapat merancang cara memenuhi seluruh beban studinya dengan mempertimbangkan kemampuan diri, bakat, dan minatnya. Sistem kredit juga memudahkan terjadinya pengalihan (transfer) kredit antar jurusan atau antar fakultas dalam satu perguruan tinggi, bahkan antar perguruan tinggi.   Semester adalah satuan waktu proses pembelajaran efektif selama 16 (enam belas) minggu tidak termasuk ujian akhir semester. Seturut Peraturan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta, sepanjang satu tahun akademik diselenggarakan tiga semester yakni:
    
1. Semester gasal :  bulan September sampai dengan bulan Januari tahun berikutnya.
2. Semester genap :  bulan Februari sampai dengan bulan Juni tahun berjalan.
3. Semester pendek/antara : bulan Juli sampai dengan bulan Agustus tahun berjalan.

Keseluruhan pembelajaran yang harus dijalani setiap mahasiswa untuk menyelesaikan jenjang sarjana dilaksanakan dalam berbagai bentuk kegiatan pendidikan, yakni kuliah, praktikum, seminar, praktek kerja lapangan (PKL), kuliah kerja nyata (KKN), hingga penulisan tugas akhir. Penyelenggaraan pendidikan di UNY didasarkan atas Sistem Kredit Semester (SKS), sehinga masing-masing kegiatan pendidikan diukur dengan satuan beban studi yang telah dibakukan yakni satuan kredit semester (sks). 

Alokasi waktu yang diperlukan untuk menjalani kegiatan pendidikan sebanyak satu sks dalam sepekan bergantung pada jenis mata kuliahnya, yakni sebagai berikut. 
1. Teori (Kuliah), tutorial :   50 menit pembelajaran tatap muka, 60 menit tugas pembelajaran terstruktur, 60 menit pembelajaran mandiri
2. Seminar                      : 100 menit tatap muka, 70 menit kegiatan mandiri

B. Beban Studi

Beban studi mahasiswa setiap semester ditentukan dengan mempertimbangkan kemampuan individu mahasiswa maupun rata-rata waktu belajar dalam sehari. Bila seorang mahasiswa dianggap bekerja normal selama 9 jam per hari, maka dalam satu pekan tersedia waktu belajar sekitar 54 jam atau 3.240 menit. Dengan melihat alokasi waktu 1 sks yang ekivalen dengan 170 menit, diperoleh beban belajar mahasiswa dalam kondisi normal adalah sebanyak 20 SKS tiap semester. Adapun kemampuan individu masing-masing mahasiswa diukur melalui capaian Indeks Prestasi (IP) pada semester sebelumnya.

C. Perkuliahan

Pada pertemuan atau tatap muka pertama setiap mata kuliah, umumnya dosen akan menjelaskan deskripsi mata kuliah, silabus, buku pegangan/referensi, strategi pembelajaran, serta sistem penilaian. Selanjutnya dosen dan mahasiswa akan menandatangani kontrak perkuliahan, yang memuat frekuensi pemberian tugas, kuis, ujian sisipan, dan minimal kehadiran dan bobot penilaiannya yang disepakati antara dosen dan mahasiswa. Perkuliahan dapat dilangsungkan secara tatap muka langsung maupun secara blended, yakni perpaduan antara tatap muka langsung dan pembelajaran daring.

Kuliah Tatap Muka Langsung

          Kuliah dalam bentuk tatap muka langsung dilakukan di ruang-ruang kuliah yang tersedia di Fakultas MIPA UNY.  Dalam menghadiri kuliah, mahasiswa harus hadir tepat waktu dan mentaati tata tertib perkuliahan FMIPA UNY maupun tata tertib yang menjadi kesepakatan dalam kontrak perkuliahan. Presensi untuk kuliah tatap muka dilakukan secara daring melalui http://presensikuliah.uny.ac.id.

Kuliah dengan E-Learning

          Perkuliahan daring di Jurusan Pendidikan Matematika UNY dilakukan melalui situs http://besmart.uny.ac.id. Setelah login dengan memasukkan akun surel UNY dan password, pengguna dapat memilih fakultas, program studi, hingga mata kuliah. Pada masing-masing mata kuliah, tersedia berbagai berkas (video, ringkasan materi, handout) yang dapat diunduh mahasiswa. Mahasiswa juga dapat mengikuti kuis secara daring.  Perkuliahan daring juga dapat digabungkan dengan perkuliahan tatap muka langsung, yang dikenal sebagai metode blended learning.

D. Penilaian

         Penilaian kemampuan mahasiswa dalam suatu mata kuliah dilakukan melalui penilaian per capaian mata kuliah (CPMK) maupun ujian akhir semester. Penilaian CPMK dapat berasal dari penugasan baik individu maupun kelompok, kuis, dan proyek, seperti tercantum pada module handbook masing-masing mata kuliah. Adapun Ujian Akhir Semester (UAS) merupakan ujian yang pelaksanaannya terjadwal sesuai dengan kalender akademik. Jadwal dan lokasi pelaksanaan UAS diumumkan di web maupun papan pengumuman FMIPA UNY. Setiap mahasiswa maksimal hanya menempuh dua mata ujian dalam satu hari. 
         Nilai akhir (NA) yang diperoleh mahasiswa untuk suatu mata kuliah (MK) merupakan akumulasi dari nilai yang diperoleh per subcapaian pembelajaran dan ujian akhir semester (UAS), dengan bobot yang telah ditentukan dalam module handbook. Nilai akhir dinyatakan dalam huruf dan angka berdasarkan range nilai yang diperoleh.