Sebagai bagian dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Negeri Yogyakarta, Penjaminan Mutu di Program Studi S1 Statistika mengacu pada Peraturan Rektor Nomor 41 tahun 2019 tentang Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) UNY. Peraturan Rektor tersebut juga memuat tiga lampiran, yaitu: (1) Kebijakan SPMI; (2) Manual Penetapan Standar dalam SPMI, Manual Pelaksanaan Standar dalam SPMI, Manual Evaluasi Standar dalam SPMI, Manual Pengendalian Standar dalam SPMI, Manual Peningkatan Standar dalam SPMI; dan (3) Standar SPMI UNY. Ketiga dokumen tersebut dilengkapi dengan berbagai pedoman dan prosedur operasional standar (standard operating procedure, SOP) yang menjadi acuan dalam pelaksanaan SPMI.

Kegiatan penjaminan mutu di tingkat universitas dilakukan oleh Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengembangan Pendidikan (LPMPP) UNY. Di tingkat fakultas, terdapat unit pelaksana penjaminan mutu yaitu Tim Penjaminan Mutu (TPM), sedangkan di tingkat Program Studi terdapat Gugus Penjaminan Mutu (GPM).